虽然13世纪的上半叶对于伊斯兰世界来说充满了苦难，蒙古人在1258年把旭烈兀率领的大军派往伊朗，攻陷了巴格达，连哈里发也被处决，但这并未让马穆鲁克军队失去信心。实际上，1248年法国国王路易九世攻打埃及时，尼罗河泛滥的洪水反而把熟悉地形的马穆鲁克军推到了上风。就在此时，医院骑士团在塔博尔山修起了堡垒，这让巴勒斯坦地区的局势变得紧张。为了打破这种局面，拜巴尔斯在1263年发动了首次攻势，把部分尚未完工的防御工事摧毁掉。到了1265年，凯撒利亚港也被马穆鲁克军给拿下了。 在接下来的日子里，马穆鲁克势力不断壮大。到了1291年，艾什赖弗·赫列勒带领大军攻克阿克城后，又沿途收复了多个法兰克人的要塞。面对这种情况，教皇克莱门特五世于1311年召集了塞浦路斯国王亨利一世的使者，商量如何恢复东征的计划。他们打算先通过海上封锁限制埃及的贸易往来，然后再组织新一轮进攻。然而在1365年，虽然彼得一世的部队占领了亚历山大港并进行掠夺，但最终还是被赶来的援军给赶跑了。直到1323年，伊尔汗国的威胁才彻底消散。 尽管当时埃及内部面临着分裂与叛乱的压力，但经过近两百年的相对安定时期后，它再次成为了伊斯兰世界的政治和文化中心。