1644年清军入关后，统治基础尚不稳固，清廷对明十三陵总体采取统一保护的做法。但据《清世祖实录》记载，顺治元年制定守陵制度时，唯独万历帝定陵未被纳入守陵体系。此举有两层背景：一是努尔哈赤父祖在万历年间被明军误杀，引发此后数十年的明清对抗；二是万历帝长期怠政的既有评价，给清廷提供了“名义上的理由”。
万历帝定陵待遇几度起落，看似只是对一座陵寝的取舍，实则映照了清朝统治者在不同时期的政治需要、权力结构与文化心态的变化。从多尔衮时期的强势主导，到顺治帝亲政后的政策回摆，再到康熙帝以礼制与理学推进治理，每一次调整都与当时的权力格局和现实压力密切有关。这段历史说明，帝国政策往往不是简单的好恶选择，而是权力运作与资源配置共同作用的结果。也正因局势与时间会改变判断，旧怨可以被重新处理乃至淡化，折射出制度在稳定之后所呈现的弹性与包容。