1987年，有谁能想到，赵南起竟然被人举报成了韩国特务？杨尚昆亲自下令彻查，这事儿放在几十年前，那可是震动了整个中央军委的大事。就在这个时候，赵南起正被大家看好，马上就要升任解放军总后勤部部长了。谁能料到，就在他考察战略后方仓库的时候，一封举报信送到了中央军委。信里说得清清楚楚，说赵南起有韩国特嫌，吉林省几位离休干部联名写的。信里提到，当年赵南起当延边州委书记的时候，他的弟弟在韩国找过他。弟弟的消息在1945年他们在吉林岔路河分开后就再也没联系过了。举报信里说赵南起故意隐瞒这件事。中央军委副主席杨尚昆看到信后，立刻给赵南起下了命令让他回京做紧急汇报。赵南起一回到北京就被直接带去了招待所。那时候他六十岁了，资历深贡献也大。杨尚昆把举报信给他看了一眼，就问起这件事来。面对这样的诬告，换作别人可能早就急得跳脚了，可赵南起却很平静地表示愿意接受组织调查。调查组很快就组建完成，核心调查内容就是八年前从香港寄来的那封信。那是1979年中韩还没建交的时候，赵南起收到了韩国《东亚日报》驻香港记者转来的一封信。信里说有个叫赵南元的读者找哥哥叫赵南起的人联系。和弟弟分开了三十多年的经历让他看信的时候眼泪就掉下来了。可他并没有因此自私地私藏信件，反而把信交给了公安局备案，并给吉林省委和延边州委做了完整汇报。甚至连回信都没写一封。时间过得很快，到了1980年春节下基层走访群众时，他遇到了一个朝鲜族阿妈妮说起听广播里听到韩国电台里有个叫赵南元的找哥哥。听完广播录音后确定这是他失散多年的亲弟弟。于是他再次找了组织说明情况。到了1987年11月时，赵南起正式被任命为解放军总后勤部部长、总后勤部党委书记。1988年9月授衔的时候又被授予上将军衔。这份没能骨肉团聚的遗憾一直伴随着他直到2018年去世。这份遗憾和他一辈子对党的绝对忠诚也成了那个特殊时代深刻印记之一。