1946年的上海，风雨飘摇，乱世之中有人图利，有人求活，而顾耀东只想保护百姓、匡扶正义。李易峰饰演的顾耀东是个法学院的高材生，刚入警察局报到就因让座迟到，被分到了刑二处。他抓贼抓得太专心，无意中坏了夏继成（王泷正 饰）的局，幸好夏继成替他求情才没受重罚。 夏继成表面上是个混日子的处长，暗地里却是潜伏在警局的我党同志。他看重顾耀东的单纯真诚，决定暗中保护并发展他。金晨饰演的沈青禾是我党地下成员，以商人身份作掩护传递情报。为了执行任务，她住进了顾耀东家。 顾耀东渐渐察觉沈青禾行踪神秘，对她起了疑心。一次沈青禾去销毁叛徒留下的重要情报被他跟踪，好在沈青禾熟悉地形成功甩掉了他。顾耀东回家后看到楼梯上的湿鞋印，更加确信她身份不简单。在警局工作中，他看清了那些官员的丑恶嘴脸。 顾耀东查明之前抓获的陈宪民其实是被栽赃陷害的我党同志。他想办法去监狱救人却险些暴露，又是夏继成及时赶到帮他化险为夷。经过这一系列事情，顾耀东对党的信仰开始动摇。 后来他无意中帮了不少我党同志的忙。在夏继成和沈青禾的感召下，顾耀东加入了我党。他和沈青禾假扮情侣执行任务，两人之间也产生了感情。 夏继成因身份快暴露不得不离开上海，钟百鸣接任处长后一直试探他们。他还诱惑赵志勇（顾耀东的同事）帮自己做事。国民党在上海解放前夕疯狂搜捕我党成员，局势紧张。 夏继成回上海执行任务时受了伤，沈青禾被捕后遭受严刑拷打。顾耀东联合众人除掉钟百鸣救出了沈青禾。 上海解放后顾耀东留在公安局做警察继续保护百姓。沈青禾完成任务回来后两人重逢相拥。其他人也都开始了新生活。《隐秘而伟大》这部剧让我们看到了小人物在那个年代的选择与成长。